达摩祖师与金陵有过一段佛缘。南朝梁时,达摩受梁武帝邀请至建康宣扬佛法。公元520-526年,达摩历经千辛万苦从海上到了广州。梁武帝派人专程迎达摩到南京,仪式十分隆重。达摩在江北长芦寺短暂停留后,又至定山如禅院驻锡,面壁修行。今长芦禅寺内的一苇堂,就是为纪念达摩渡江后参拜长芦寺而建的。定山寺至今留有“达摩岩”、“宴坐石”、达摩画像碑等遗迹。其中,明代达摩画像碑为国内最早的达摩造像碑,比嵩山少林寺的祖师碑要早120多年。定山寺成为禅宗重要丛林,被誉为“达摩第一道场”。后达摩去河南嵩山,继续弘传禅宗。

　　陈隋之际,金陵人吉藏完成了“三论”的注疏及《三论玄义》等,创立了三论宗。其弟子慧感、慧颐、明法师等在长江下游颇有影响。建康的栖霞寺、兴皇寺是南方三论宗的中心。

　　陈废帝光大元年(公元567年),智顗奉其师慧思禅师之命,与法喜等数十人赴金陵弘扬教观、讲经说法,受到了陈代朝野僧俗的欢迎与敬重。宣帝太建元年(569),智顗被朝廷迎请住进了瓦官寺,前后住了八年。在瓦官寺,智顗讲经说法,标立宗义,判释经教,为创立佛教宗派打下了基础。智顗之学使江南佛教注重义理的风气有所改变,同时也吸收了南朝盛行的三论、涅盘二宗的思想。后至浙江天台山,为天台宗的实际创始人。因此,天台宗虽以天台标名,但仍视南京光宅寺、瓦官寺为其祖庭之一。

　　梁代大同年间,智文(508—509)于光业寺首开律藏于江南,影响甚大。唐代高僧鉴真也在金陵弘传过律学。明末清初,律宗在金陵一度振兴。万历初,如馨(1541-1615)在古林寺传戒,被尊为律宗中兴祖师。

　　在佛教各宗派中,禅宗在金陵流传最久,影响最大。贞观元年(627),禅宗四祖道信的弟子法融(又称慧融)来到金陵南郊牛首山支脉祖堂山悟道修行,创立了牛头禅法。法融著有《心铭》。此宗在于“排遣多言,着眼空寂”、“菩提本有,何须用守”,这种思想成为后来的南宗先声。弟子及再传门人有智严、慧方、法持、智威、慧忠等。至八世纪习此禅法的还有鹤林玄素、径山法钦、鸟窠道林等人。当时,牛头禅法在常州天宁禅寺、镇江鹤林寺等江南名刹都有传承,至唐末渐衰。后由日本僧人最澄传入日本。南唐时期,文益禅师被中主迎至金陵,住报恩禅院,后建清凉寺。针对当时禅宗不通教理的弊端,他撰写了《宗门十规论》等,大力提倡研究教理,学习《华严经》。文益去世以后,中主赐谥为“大法眼禅师”,塔号“无相”。于是,文益开创的法系便被称为“法眼宗”。吴越末年,高丽王派36名僧人随文益的再传弟子延寿学法,此宗遂由此传入朝鲜,盛行海外。

　　宋代以后即成为佛教各宗派共同信仰的净土宗,一直在金陵广泛流传。被列为南宋净土祖师之一的宗颐于宋哲宗元祜年间(1086—1093)住持长芦寺,以主张禅净双修闻名。

　　瘗藏圣物

　　南京供奉佛舍利历史悠久,也是中国历史上瘗藏圣物最早、最多的城市。

　　释迦牟尼佛茶毗后,其真身舍利被摩揭陀国、释迦族等八国建塔供养。阿育王即位(前273年—前232年)后,重新分佛舍利供奉,使其流传东南亚及中国。南京供奉佛舍利历史悠久,也是中国历史上瘗藏圣物最早、最多的城市。

　　中国佛塔之祖是洛阳白马寺塔,建于东汉,而中国之有佛舍利塔——阿育王塔,始于三国吴时建康。孙权建造建初寺并阿育王塔,供奉康僧会请得的舍利,开始了南京先后十次瘗藏圣物的历程。

　　东晋孝武帝宁康(373-375)中,僧人慧达(刘萨河)至京师建康,在长干塔下挖掘得三石碑,中央碑覆中有一铁函,函中又有银函。银函裹金函,金函裹有三舍利,又有一爪甲及一发。发神长数尺,卷则成螺,光色炫耀。据《南朝佛寺志》卷上记载,慧达“复于其地建寺,造三级塔,遂称其寺为长干寺。梁时大加兴建,号为阿育王寺”。

　　刘宋元徽三年(475年),僧人法献西游于阗,在鄂尔浑河和土拉河流域一带得到了佛牙舍利一枚,秘不示人达15年之久。临终前,才将佛牙献出,藏于南京上定林寺的佛牙阁里,广受四方佛徒朝拜。历经隋唐和五代,这颗佛牙被辗转传到北方的燕都(今北京)。辽咸雍七年(1071),佛牙被安放在北京西山灵光寺的招仙塔内,深藏在塔基之下。1900年,“八国联军”的炮火将招仙塔轰毁,邻近的灵光寺僧人在整理宝塔瓦砾时,在塔基下发现佛牙。此后,佛牙便一直供养在北京西山八大处灵光寺佛牙舍利塔里。

　　隋仁寿元年(601年),栖霞寺建舍利塔。《帝京景物略》记载:“隋文帝遇阿罗汉授舍利一囊,与法师昙迁数之,奠定多少,乃以七宝函致雍、歧等三十州,州建一塔”。《同治上元江宁两县志》记载:“相传文帝遇异尼,得舍利数百颗,分八十三州,各树塔,蒋州其一也”。原塔早已塌毁废弃,五代南唐时高越、林仁又重新修建,现存塔应是南唐所建的。虽未发掘,塔中应藏有舍利。

　　唐长庆四年(公元824年),润州刺史李德裕将隋唐时期荒废已久的长干寺阿育王塔地宫打开,从中发现了21枚佛祖真身舍利。李德裕将其中的11枚舍利迁往润州(今江苏省镇江市),在北固山甘露寺建塔供奉,另外的10枚则被留在了原地。

　　北宋端拱元年﹙988年﹚,玄奘大师顶骨被迎到南京。玄奘是我国著名高僧和佛典翻译家,被尊称为玄奘大师、唐三藏。唐麟德元年(664年),玄奘大师圆寂,曾先后葬在陕西玉华宫、樊川兴教寺。唐末兴教寺三藏舍利塔被毁,一僧人将玄奘顶骨带到终南山紫阁寺建塔供奉,并刻下碑文说明原委。北宋末年,天禧寺住持可政大师在紫阁寺发现了玄奘顶骨、金钵以及一些衣物,将顶骨与石碑背回南京,于天禧寺密藏供奉。明朝时,玄奘顶骨先后迁葬三藏塔和大报恩寺。太平天国时大报恩寺毁于战火,所幸顶骨藏于地宫之中,未遭破坏。1942年,侵华日军在三藏塔遗址上建造“稻垣神社”时,挖出一石函,内有玄奘遗骨及佛像铜匣等,石函上的文字记载了玄奘遗骨辗转来宁的经过。经汪精卫政府交涉,玄奘顶骨被分成六份,分置在日本、广东、天津、成都、北京及南京。位于广东与北京的顶骨,已在“文革”中遗失。南京的那份1973年被移供于灵谷寺。